Вопрос:
Как работает механизм прозрачного обновления версий?

Ответ:
У вас установлена одна из прежних версий компонента. Вы имеете новую версию компонента. Вы запускаете инсталлятор новой версии, далее производите действия по его установке. В этот момент, если какие-то файлы из старой версии используются, новая версия устанавливается параллельно со старой. После такой установки потребуется перезагрузка. После перезагрузки, если всё хорошо, автоматически удаляется старая версия, а новая остаётся.
Это сделано специально, чтобы избежать ситуации, когда старая версия будет удалена, а новая по какой-то причине не сможет быть установлена.